Заходим в МС в карточку товара
Смотрим Внешние коды цен
Выбираем код основной цены которая выгружается на сайт
и вставляем этот код в поле розничного набора цен на сайте. Не забываем про кнопку сохранить. Если у Вас есть вкладка в модуле синхронизации с настройками цен, то просто выбираем чекбоксом, тип цен с правильным внешним кодом